ORGANIZACIÓN EN EL GRUPO
Los grupos de la IAM viven y obran como fermento misionero (ayudar a que los demás también sean misioneros) en su escuela, en su familia y en su comunidad. Los grupos se van formando con los niños católicos de 4 a 14 años que muestren interés en ser miembros activos. Se organizan grupos de 12, a ejemplo de los 12 apóstoles con Jesús, agrupados por edades , según el criterio del animador.
Cada uno de los niños es protagonista del desarrollo de la tarea y de su grupo.
Ahora bien,  se elige a uno que hace las veces de guía y colabora especialmente con el animador, recibiendo el nombre de "niño guía"
¿Qué es el niño guía?
Cada grupo de 12 niños elige un(a) guía que debe ser el más responsable y misionero. El niño guía puede cambiarse cada 6 meses o puede permanecer todo el año.
Sus tareas:

• Junto con el animador, preparar y dirigir el encuentro semanal.

• Hacer que todos los niños, participen activamente y cumplan sus compromisos.

• Llevar el control de la asistencia

• Orar por los niños de su propio grupo

• También puede ayudar a delegar entre los demás miembros las responsabilidades de secretaría, tesorería, animación y recreación.

ENCUENTRO SEMANAL
Como los Apóstoles que, antes de ir al a misión, se reunían con Jesús para escucharle, entender su mensaje y comprometerse con El, de la misma manera, los niños se reúnen cada semana para hacerse amigos, discípulos y apóstoles de Jesús.
¿Qué hacen los niños y adolescentes en la reunión?

• Se encuentran con su amigo Jesús
• Comparten sus experiencias e iniciativas misioneras.
• Escuchan la Palabra de Dios y comparten la oración por las misiones
• Estudian el tema o realizan la actividad que corresponde al encuentro
• Se comprometen a una actividad concreta para realizarla a lo largo de la semana.
• Cantan y Juegan

CUADERNO MISIONERO
Cada niño de la IAM debe llevar su cuaderno misionero donde irá anotando los temas de las reuniones, con sus ilustraciones y además con sus compromisos, el cual será revisado con frecuencia por el niño guía y el animador.
Otros responsables de la IAM a nivel nacional e internacional
En el ejercicio de sus actividades estas Obras (las OMP) dependen a nivel universal de la Congregación para la Evangelización de los Pueblos y, a nivel local, de las Conferencias Episcopales y de los Obispos en cada Iglesia Particular (RM 84)
A nivel internacional
El Santo Padre es la cabeza de las Obras y las ha puesto bajo la dirección de la Congregación para la Evangelización de los Pueblos, a la que el Concilio Vaticano II ha confiado la dirección y coordinación de la cooperación misionera (AG 29)
Sin embargo, las Obras Misionales conservan su autonomía y se rigen por estatutos propios. De ahí que ellas tengan una organización especial y un Presidente Mundial. Cada una de las cuatro Obras Misionales tiene un Secretario General o Internacional con sede en Roma.
A nivel nacional
El Director de la IAM en cada país es el Director Nacional de las OMP, el cual presta sus servicios a través del Secretariado Nacional de la IAM.
A nivel diocesano
El Obispo es el principal animador y responsable, junto con el Director Diocesano de las OMP quien puede ser ayudado por un equipo o secretariado de Infancia y Adolescencia Misionera.
A nivel parroquial
El principal responsable de la IAM de la parroquia es el Párroco. El busca la colaboración de los animadores misioneros  y encomienda a uno de ellos la coordinación parroquial de la IAM. Los animadores orientan a los niños, dejando que ellos asuman las responsabilidades que les corresponden  y acompañándolos para que realicen todo lo que ellos mismos deban realizar.
Uno de los aspectos que hay que tener en cuenta en la organización de los grupos es que deben funcionar muy unidos a la Parroquia. Esto implica:

• Estar insertos en la pastoral de conjunto de la Parroquia, participando activamente en la misma y brindando los servicios necesarios.
• Al programar las actividades de la IAM, tener en cuenta la planificación parroquial, las actividades de la parroquia y las fiestas propias de la comunidad.
• Estar abierto a las indicaciones y solicitudes del Párroco o hermana encargada.